十一年一次的祭典即将在正十字学园町召开，奉命随同奥村雪男（福山润 配音）处理幽灵列车事件，却因奥村燐（冈本信彦 配音）和诗绘美（花泽香菜 配音）自作主张，导致事态朝着最混乱的方向发展。暴走的列车不仅损坏大量建筑和设施，还压垮了一个年代久远的神社。遭受禁足惩罚的燐被命令监管原本封印在神社中的少年恶魔，可是在他眼里，那只不过是一个调皮捣蛋却又惹人喜爱的可爱小男孩。燐渐渐放松了警惕，他的友善也得到男孩的热情呼应。与此同时，为防止恶魔入侵，包括台湾支部刘成龙（木内秀信 配音）在内的世界各地顶尖除魔师纷纷云集正十字学园，严阵以待。而在此期间，诡异的事件接连发生……本片为漫画家加藤和惠同名原作改编的TV动画剧场版。

市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。