以南葛中和东邦学园同时夺冠而落下帷幕的全国中学生足球大会。大会后，面向在法国巴黎举办的国际少年青年大会日本少年青年代表被选出了。除了发誓向世界飞跃的翅膀之外，日向、若岛津、若林、海角的海外组等最强的布阵。另一方面，以实力超过日本的世界足球大国也开始行动了。德国的施耐德、法国的皮埃尔、阿根廷的迪亚斯、意大利的赫尔南德斯等新的竞争对手们也为了获得世界第一的宝座而聚集在巴黎。
高中二年级的春天，雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机觉醒为“PERSONA”使者的莲，与新认识的伙伴们一同组成“心之怪盗团”。把沾满邪恶欲望的大人们的“扭曲欲望”给偷走，让其改过自新。另一方面，在城市中陆续发生了不可思议的精神暴走事件……以大都会“东京”为舞台，作为高中生过着日常生活的同时，放学后作为“心之怪盗团”活跃——。壮大的歹徒传奇就此拉开序幕！
击败青城晋级决赛的乌野，白鸟泽成为他们的下一个对手。
表面看来，砂户太郎（福山润 配音）不过是一介普通少年，但在那人畜无害的面孔之下，隐藏着极为扭曲的个性，没错，砂户太郎是那种一旦被女性粗暴对待就会兴奋的浑身发抖的超级受虐狂！砂户太郎一直深深爱恋着被称为“志穗璃公主”（佐藤利奈 配音）的神秘女子，为了成为能够配得上公主的人，砂户太郎决定好好的进行一番自我修炼，就这样，他来到了传说中能够实现愿望的第二义工社。迎接砂户太郎的，是名为石动美绪（竹达彩奈 配音）的金发女子，在她娇俏可人的外表之下，隐藏着专横跋扈残暴无理的一面。此外还有外冷内热的紫发少女结野岚子（早见沙织 配音），在一连串匪夷所思的意外事件之后，砂户太郎对于自己是否真的能够完成心愿产生了深深的怀疑。
在这个科技飞速发展的时代里，想要解读人类脑中残留的影像早已不是一件难题，一个专门利用此项技术侦破案件的组织——第九研究室应运而生。在室长薪刚（关智一 配音）的带领下，身强体壮的青木一行（浪川大辅配音）、心理学者天地奈奈子（野中蓝 配音）等精明强干的队员们利用各自的能力破解着一桩又一桩扑朔迷离的案件。虽然技术让破案变得更加迅速和简单，但其中涉及到的有关隐私和权利的部分一直都处在道德的灰色地带。同时，每日面对着被害者死前目击到的残酷影像，要如何在工作和生活之间划上清晰的分界线也成了组员们要面对的一大难题。
1990年2月神户市北区俄勒冈村在孤儿院生活的双胞胎少年米奇与达利，有一天被富裕而安详的老夫妇园山夫妻收为了养子。但他们并非以「米奇」与「达利」两位少年的身份，而是以「园山秘鸟」这一位少年的身份被收养的。二人隐瞒了真实身份，在扮演园山秘鸟的同时融入俄勒冈村。二人究竟为何要扮演同一个人？其中包含着巨大的秘密和惊人的目的。
这是和数个怪异交织在一起的微不足道的友情和别离的故事。返老还童的怪异“月读的变若水”，绝对不能读出声来的“异界之歌”，来路不明的书不知不觉间排列在书架上“逆偷盗的本”，神隐的实况记录报告“仙境异闻”···首都范围内的某个中心车站，这个小镇究竟在发生著什么…… 残留在令和世上最后的迷宫，“现代怪异”的mystery 志愿成为不足为道的小说家，绪川董子和搭档的童颜细目的魔少年化野莲发起了挑战!追求的是超自然知识和体力的胜负。在解开这个小镇涌现出的数个怪异的二人前方等待的是…
田中（小野贤章 配音）是1-F班的学生，身体孱弱的他长着一副宛如女孩子般的秀气面孔，讲起话来亦细声细语，还常常讲到一半就因为体力不支而睡着。无论何时，田中都是一副迷迷糊糊的困倦模样，生活中任何麻烦的事情都和他无缘。长相有些凶恶的太田（细谷佳正 配音）常常被人误认为是不良少年，但实际上，他却担任着田中身边“保姆”的职责，在生活之中对他照顾有加并且乐在其中。活泼开朗的元气少女宫野（高森奈津美 配音）一直暗恋着大姐头越前（诹访彩花 配音），为了能够成为和越前相配的同伴，宫野拜了田中为师，向他学习稳重慵懒之道。充满了欢乐的日常就此展开。
天元有着中央突破、王道路线的含意。 天元突破主要是呼应最终话“连天与次元都一并突破”此句，与围棋术语相同应该是兼用其涵义。 也有天空或屋顶之意，依照剧情中主角一开始从地底出来，再到宇宙进行作战，就可了解此意，主角也常说是要突破天空的男人。这是一部热血又励志的作品。 主人公西蒙与卡米那在地下深处的部落基哈村成长。为了扩建村子而开始挖洞的西蒙，发现了一具闪耀奇异光芒的小钻头与有张大脸的机械人。另一方面，神名相信在村子上方有所谓的「地面」存在，率领了名为「红莲团」的小混混集团打算突破天顶。某天，突然前来袭击村子的巨大机械人，还有一名以超传导步枪将之击退的美女庸子的出现，为他们的生活带来了改变·.....
