在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
在即将坠入深洲的危急关头，辛灵被“神秘人”救出，意外来到了荒石被封印的地方。而荒石却在战斗中身受重伤，元神消散。为了救回荒石，叶罗丽战士们也行动起来，前往奇幻的仙境，开启全新的冒险之旅。在拯救荒石的过程中，辛灵带领孩子一起怀揣勇气与希望，再度探寻爱与成长的真谛。
丹药过期怎么办？不怕！我能回溯丹药时间，你们过期的丹药我全都要！ 修炼功法太慢怎么办？不怕我能将修炼功法的时间往后调上五年，功法立即是大成。 身体受伤了怎么办？不怕！我能回溯身子的状态，让你的身子恢复受伤之前的样子。 穿越到异世界发现自己是个废材？ 不怕！ 我可以修改万物时间线！
