在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
地狱谷不知为何被水填满，水压过大挤破了岩层，让生活在地下世界的鬼族损失惨重。王子阿洛伊斯潜入地狱湖底探查，发现灾难的源头竟来自半个魔女脑袋的眼泪。为了将乱丢脑袋的魔女绳之以法，阿洛伊斯向地面出发了……
半月关之事告一段落，谢怜受神武大帝君吾的传唤回天庭述职，却意外得知有神官在鬼市附近施法求救。而鬼市如今的主人“血雨探花”花城，正是七日前突然辞别的红衣少年三郎。此事疑点重重，谢怜自愿请命，与风师青玄、东方武神郎千秋一同秘访鬼市探查真相……
虽然是一个超级武者却在学校当体育老师的顾飞，在学生的推荐下玩起了网游，但却错误地选到了法师这个职业，最后成为一个近战暴力法师，踏上一条新的游戏之路。
