在人类生活的世界里，存在着另一个完全独立的平行世界纳尤古。纳尤古由拥有魔法的精灵师和精灵组成，他们将人类世界称之为“大方块”。10岁的小学生包小龙，大方块的一名小学生，然而他天生就有点不同，常常把老鼠、蟑螂等动物们看成可爱的小精灵。小龙的异常得不到家人的理解，更被同学和小伙伴们排斥。有一天，一颗粉红色的流星飞进了小龙的眼睛里，他开始听得到小精灵们的心声。精灵们不断涌现，惊呼小龙就是“那个人”黄金龙的精灵师。正当小龙迷惑不解时，他收到来自纳尤古齐格威精灵师学校尤达校长的信。
在一颗名为“赤星”的行星上，人类移民政权天柱会，利用名为“苍寰晶石”的神秘物质，建造了能够改造大气的装置——“浑天”。 十年前的一次动乱中，“苍寰晶石”不翼而飞，“浑天”计划被迫终止。十年后，一支名为“黄金军团”的反抗军突然出现，随即迅速占领了天柱会最重要的矿镇，“苍寰晶石”再次现世，并被改造为能够毁灭整个星球的武器。 为拯救赤星，天柱会疾风、星火两兄弟，走上了打败黄金军、夺回苍寰晶石的旅程。然而，等待着两个年轻人的，除了险象环生的危机、各怀心思的同伴、被掩盖的赤星历史，还有藏在弟弟星火背后不为人知的秘密
天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了……
