新エネルギー資源の発見によって造られたメガフロート都市・ベイロンシティ。そこで小さな会社を営む青年・シュウ。彼は日頃の金遣いの荒さからひもじい生活を送っていた。そんなシュウを心配し、彼の事務所兼自宅に通う一人の少女・キサラ。彼女はベイロンシティ内の高校に通いながら、仕事の事務作業から家事まで面倒を見る。そしてもう一人、シュウが以前に所属していた会社の先輩であり、元恋人でもあるアヤノも彼のことを気にかけていた。太平洋に浮かぶ人工島で巻き起こる
某天，时隔10年回到日本的少年一希东，突然遭到武装男子们的袭击，并被囚禁起来。而救出了东的人，是青梅竹马的少女朝吹黄金，以及有着右手形态、拥有意志的武器“舞武器”。知道了“舞武器”的存在，以及自身也是“舞武器使者”的东，与遇到的同伴们一起，为了让沉眠于地下、被称为“王舞”的舞乱伎（巨人）复活而开始行动。
表面看来，砂户太郎（福山润 配音）不过是一介普通少年，但在那人畜无害的面孔之下，隐藏着极为扭曲的个性，没错，砂户太郎是那种一旦被女性粗暴对待就会兴奋的浑身发抖的超级受虐狂！砂户太郎一直深深爱恋着被称为“志穗璃公主”（佐藤利奈 配音）的神秘女子，为了成为能够配得上公主的人，砂户太郎决定好好的进行一番自我修炼，就这样，他来到了传说中能够实现愿望的第二义工社。迎接砂户太郎的，是名为石动美绪（竹达彩奈 配音）的金发女子，在她娇俏可人的外表之下，隐藏着专横跋扈残暴无理的一面。此外还有外冷内热的紫发少女结野岚子（早见沙织 配音），在一连串匪夷所思的意外事件之后，砂户太郎对于自己是否真的能够完成心愿产生了深深的怀疑。
在今天的电击20年祭相关活动中，正式宣布「萝球社」TV动画2期制作确定！而此次二期的标题确定为「萝球社！SS」标题中的SS意为SecondSeason，也可理解为小学生は最高だぜ！
日本的上班族冈岛绿郎在一次去东南亚的出差中，被和海盗差不多的运输商“BLACK LAGOON”的成员绑架。公司为了保守机密派遣雇佣兵要抹煞掉成为了人质的冈岛，但是冈岛凭借其智慧从这绝境中脱险了。被公司抛弃的冈岛舍弃了了姓名和立场，改名Rock成为了“BLACK LAGOON”的成员。原军人的老板Dutch，机械工Benny，有“双枪”别名的枪手Revy，和Rock一起，乘坐改造鱼雷艇“BLACK LAGOON号”在南方的大海上驰骋着……而女主角则是美女双枪侠·蕾葳，任何危险的工作她都可以胜任！
故事发生在太正三十年，帝国华击团花组的组长神山诚十郎（阿座上洋平 配音）出国公干，由天宫樱（佐仓绫音 配音）担任代理队长的职务，然而，神山的任期未满便突然返回小组中，还带回了一位名叫克拉拉（早见沙织 配音）的陌生少女。克拉拉隶属于莫斯科华击团，她所在的小组因为一场意外而全军覆没，克拉拉是其中唯一的幸存者。个性大大咧咧，宛如男生一般粗鲁的暴力巫女东云初穗（内田真礼 配音）、拥有超高智商的天才忍者望月蓟（山村响 配音）、身材高挑英姿飒爽男女通吃的帕尔玛（福原绫香 配音），花组的成员们齐心协力，试图调查莫斯科华击团覆灭的真相。
田中（小野贤章 配音）是1-F班的学生，身体孱弱的他长着一副宛如女孩子般的秀气面孔，讲起话来亦细声细语，还常常讲到一半就因为体力不支而睡着。无论何时，田中都是一副迷迷糊糊的困倦模样，生活中任何麻烦的事情都和他无缘。长相有些凶恶的太田（细谷佳正 配音）常常被人误认为是不良少年，但实际上，他却担任着田中身边“保姆”的职责，在生活之中对他照顾有加并且乐在其中。活泼开朗的元气少女宫野（高森奈津美 配音）一直暗恋着大姐头越前（诹访彩花 配音），为了能够成为和越前相配的同伴，宫野拜了田中为师，向他学习稳重慵懒之道。充满了欢乐的日常就此展开。
西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けていたが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「放射能除去装置・コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救援メッセージと、航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジンが搭載され、目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて発進する。ヤマトはガミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。
